Jean-Marie Déguignet est issu d'une famille de condition très modeste. Son père était fermier à sa naissance, mais au bord de la ruine, il perdit son bail deux mois plus tard. Il loua ensuite un penn-ti à Ergué-Gabéric, où il vendait ses services chez des fermiers pour huit à douze sous par jour. Enfant, sa famille subit de plein fouet la misère engendrée par l'épidémie de mildiou des années 1840 – celle qui provoqua l'émigration des Irlandais. Il devint donc mendiant. Après cette crise, il parvint à se faire engager dans plusieurs fermes comme vacher, notamment à la ferme-école d'agriculture de Kermahonnet en Kerfeunteun. Récupérant des feuilles oubliées par des élèves, il apprend à écrire et lire des rudiments de français par lui-même.
En 1854, il s'engagea dans l'armée de Napoléon III. Il y restera 14 ans. Il participa à la Guerre de Crimée, à la campagne d'Italie, à la soumission de la Kabylie en Algérie, ainsi qu'à l'expédition du Mexique. Lors de ces campagnes il parfait son apprentissage du français, il apprend l'italien et l'espagnol, aidé en cela par ses connaissances en latin apprises au catéchisme. Il servit successivement dans le 37e, le 26e, le 63e et le 7e régiment d'infanterie de ligne.
Revenu en Bretagne, il se maria et devint fermier à Ergué-Armel pendant 15 ans. Il sera ensuite tenancier d'un débit de boisson, puis agent d'assurances. Sa femme mourut alors dans un delirium tremens, et il abandonna ce commerce. Il obtint ensuite une licence pour être débitant de tabac à Pluguffan. Mais en butte à l'opposition du curé qui incitait depuis sa chaire au boycott de son commerce, car Déguignet était ouvertement anticlérical, il dut quitter la commune au bout de quelques années.
Retombé dans la misère, il passera ses dernières années à Quimper, où il fréquentait la bibliothèque municipale pour lire les journaux républicains. Il rédigea même sa vie par deux fois, car il en avait vendu le premier manuscrit à Anatole Le Braz et crut que ce dernier avait voulu faire disparaître son témoignage. Atteint d'une maladie de persécution, il fut interné quelques mois à l’hôpital psychiatrique, avant de mourir misérablement dans la rue à la porte de l'hospice de Quimper, le matin du 29 août 1905.